Jan Huyghen van Linschoten, (født 1563, Haarlem, Holland [nå i Nederland] —død 8. februar 1611, Enkhuizen, nett.), Nederlandsk reisende og propagandist som tjenestegjorde i portugisiske Goa (India), seilte med Willem Barents, og skrev en innflytelsesrik beskrivelse av asiatiske handelsruter.
Som bokholder for erkebiskopen av Goa tilbrakte Linschoten seks år (1583–89) i India. Etter hjemkomsten til Nederland skrev han to bøker som inneholder verdifull informasjon om folkene og skikkene i landet; disse bøkene var innflytelsesrike når det gjaldt stimulering av tidlige nederlandske og engelske handelsekspedisjoner til India og Øst-India.
I 1594 og 1595 seilte han sammen med den nederlandske navigatøren Willem Barents på leting etter en nordøstpassasje til Orienten via Arktis. Begge toktene endte isbunn i Karahavet. I 1601 publiserte Linschoten sitt tidsskrift om disse undersøkelsene.
